熊野本宮の惨状
よってその九牛の一毛（※きゅうぎゅうのいちもう：多くの牛の中の1本の毛の意。多数の中のごく一部分※）を例示しよう。
西牟婁郡川添村は、10大字（おおあざ）、9村社、5無格社、計14社を滅却伐木して、市鹿野（いちがの）大字の村社に合祀し、基本金一万円あるはずと称したが、実際神林を伐り尽し、神殿を潰し、神田を売却して、得たところは皆無に近かった。その証拠は、この神殿が雨風のために破損を生じ、雨洩りて神体を汚すまでも久しく放置するので、神職をなじると、全く修繕費の金がないとのことである。
また日高郡上山路（かみさんじ）村は、大小72社を東（ひがし）大字の社に合併し、小さい祠（ほこら）はことごとく川へ流させた。
さて神体などを社殿へ並べて一般の人々に自由に見させたが、合祀を好まぬ狂人がいて、合祀が行なわれれば必ず合祀社を焼くと前もって公言した。果たしてその夜、火を社殿に放ち、無数の古神像、古文書、黄金製の幣帛（へいはく）、諸珍宝、什器、社殿と共にことごとく咸陽の一炬（かんようのいっきょ）に帰す。はなはだ惜しまれることである。
むかし水戸義公は日本諸寺社の古文書を写させ、火災を恐れて一所に置かず、諸所に分かち置かれたという。金沢文庫、足利文庫などは、いずれも火災の少ない辺地に立てられた。
件の上山路村の仕方は、火災の防ぎが十分ではない田舎地方の処置としては、古人の振る舞いに比べてまことに拙きやりかただといえるだろう。
さて焼けた諸社の氏子へ一向通知せず、言わば神社が72も焼けたのは厄介払いというような村吏や神職の仕方ゆえ、氏子らは大いに憤り、事に触れて、１カ月前にも２つの大字が連合して村役場へ推しかけ荒々しき振る舞いがあった。件の社の焼け跡へ、合祀されているある社の社殿を持って来て据えたが、去年秋の大風に吹き飛ばされ、今だ修覆は成らない。人心は合祀を好まず、都会には想い及ばざる難路を往復５、６里歩まなければ参ることができない所ゆえ、大いに敬神の念を減じ、参らぬ神に社費を納めないのは自然の成り行きである。
熊野は本宮、新宮、那智を三山と申す。歴代の行幸、御幸、伊勢の大廟よりはるかに多く、およそ14帝83回に及んだ。その本宮は、中世実に日本国現世の神都のごとく尊崇され、諸帝みな京都より往復二十日ばかり山また山を越えて、一歩三礼して御参拝した。
後白河帝が、脱位ののち本宮へ御幸32度めのとき御神前にて、
『玉葉』 忘るなよ雲は都を隔つともなれて久しき三熊野の月
巫祝（みこ）に託して、神詠の御答えに、
暫くもいかが忘れん君を守（も）る心くもらぬ三熊野の月
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（歌の意味）
歴代の上皇のなかで最多の34回もの熊野詣を行った後白河上皇の歌とそれに対する熊野権現の返歌。
「慣れて久しいみ熊野の月よ。雲が都を隔てたとしても、私のことを忘れないでください」
それに対して巫女を通して下された熊野権現の返歌。
「どうして忘れようか。あなたを護る心は曇りませんよ」
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また後鳥羽上皇は、本宮が焼けた後の年内にあった遷宮（せんぐう）にお会いになって、
『熊野略記』 契りあらば嬉しくかかる折にあひぬ忘るな神も行末の空
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（歌の意味）
「宿縁があるから、このようなうれしい折に会えたのでしょうね。そのことを私は忘れませんから、神もお忘れにならなずに、私の将来をお守りください」
本宮が焼けたのは元久３年（1206）２月28日。同年（建永元年）12月に熊野御幸を行った。
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万乗の至尊をもって、その正遷宮の折にお会いになったのを、これほどに御喜悦になったのだ。しかしながら、在来の社殿は、音無川の小島にいらっしゃったが、去る22年の大水に諸神体、神宝、古文書とともにことごとく流失し、只今は従来の地と全く異なる地に立っている。万事万物新しい物ばかりで、ロシア軍より分捕った大砲などが社前に並べてあるのも、これは機械で製造することができ、また、ことによっては外国人の悪感を買う道具とも成ってしまうだろう。
これに反し、流失した旧社殿跡地の周囲に群生せる老大樹林こそ、古え、聖帝、名相、忠臣、勇士、貴嬪（きひん）、歌仙が、心を澄ましてその下に敬神の実を挙げられた旧蹟、これぞ伊勢、八幡の諸廟と並んでわが国の誇りともすべき物であるのに、一昨夏、神主の社宅を造るとして、めぼしい老樹はことごとく伐り倒された。
吾輩が苦情を入れたところ、氏子総代は、神主と一つ穴で、得意げに「昔からこのような英断をした神官はいない、老樹を伐り倒せば跡地を桑畑としておびただしい利益を得ることができる」と公然と言い、伐採するのを見て泣いた村民を嘲る物言いであった。
その神主は他国の馬の骨で、土地に何の関係もないので惜し気もなくこのような濫伐を遂げ、神威を損じ、たちまちどこへか転任し、今日誰が何と小言吐いても相手がいないので全く狐につままれたようである。その前にも本宮の神官にして、賽銭か何かを盗み、刑に処された者もある。
あるいは言わん、衣食足りて礼を知り、小人究すれば濫するというのはきわめて当然である。賽銭を盗み、神林を伐って悪ければ、神官に増俸すべし、と。これは取りも直さず、世の道義の標準たるべき神聖の職にある人が、みずからその志操（※しそう：自分の主義や主張などを固く守って変えない心※）を忘却して乞盗に並ぶものである。平田篤胤が世の中の俗神職の多くを謗って、源順朝臣が『倭名抄』に巫覡（ふげき）を乞盗部に入れたのをきわめて妥当としたのを参考するべきだ。
「神社合祀に関する意見」は『南方熊楠コレクション〈5〉森の思想』 (河出文庫)に所収