神社合祀の強行
かくして三重県に続いて和歌山県に合祀の励行が始まり、何とも看過しがたきものが多いので、熊楠は諸有志と合祀反対の陣を張り、地方および京阪の新聞紙をもってその説を主張して数年になる。
明治43年３月23日、同志の代議士、中村啓次郎氏は衆議院において一場の質問演説をなし、次に44年３月30日大臣官房において、中村氏は平田東助内務大臣と面会し、熊楠が撮っておいた紀州の諸名社濫滅名蹟亡滅の写真を示してこのことを論じたのち、内務大臣よりその年の貴族院でも中村氏同様の質問が盛んに起こったことを承知し、また内務大臣も中村氏と同一意見を持ち、一時に基本金を積まさせ一村一社の制を励行するのを有害と認めるので、４月の地方官会議に再び誤解ないようにさせるように深く注意を加えよう、と約束される（この四月の地方官会議に多少の訓示あったのは、白井氏が前日井上神社局長より得た秘密書類の写しで明らかである。ただし少しも実行されなかった）。
そののち聞くところによれば、43年６月ごろ、基本財産が完備しなくとも維持の見込み確実な諸神社は合祀に及ばないと発令があったとのことながら、地方郡役所へは達していない。さて合祀は年を追って強行される。
その結果、去年12月19日と今年1月20日の『読売新聞』によると、在来の19万400社の内より、すでに府県社5、郷社15、村社5652、無格社5万1566、計5万7238社を合併しおわり、目下合併準備中のもの、府県社1、郷社12、村社3500、無格社1万8900、計2万2413社ある。残った11万ばかりの神社もなお減ずる見込みが多いので、本年度より地方官を督励して一層これを整理し、また一方には神社境内にある社地を整理させよう、とその筋の意向を載せた。また当局は、合祀によって郷党の信仰心を高め、おびただしく基本金を集め得たなど、その効果は著しいと言明しているとのこと。
そもそも全国で合祀励行、官公吏が神社を掃討滅却した功名高誉とりどりである中で、伊勢、熊野という、長寛年中に両神の優劣を勅問したことがあったほど神威高く、したがって神社の数はなはだ多い、士民の尊崇がもっとも厚かった三重と和歌山の２県で、由緒古き名社の濫併（らんぺい）がもっともひどく行なわれたのは珍事である。
すなわち三重県の合併は全国でもっともはなはだしく、昨年６月までに5547社を減じて942社、すなわち在来社数のわずかに７分の１ほどが残る。次は和歌山県で、昨年11月までに3700社を600社、すなわち従前数の６分の１ほどに減じ、今もますます減じている。かかる無法の合祀励行によって、果たして当局が言明するごとき好結果を日本国体に及ぼし得たのかと問うと、熊楠らは実際全くこれに反した悪結果のみを見ているのだ。
「神社合祀に関する意見」は『南方熊楠コレクション〈5〉森の思想』 (河出文庫)に所収